Fate/stay night nous conte l'histoire de Shirô Emiya, un jeune homme capable d'analyser la structure des objets grâce à la magie. Enfant, Shirô fut témoin du dénouement tragique d'une guerre occulte opposant sept magiciens et leurs serviteurs et qui détruisit son quartier. Recueilli par un magicien, désormais décédé, Shirô est devenu un jeune homme solitaire doté de pouvoirs limités, capable de réparer les objets d'instinct et de lancer quelques sorts. Au cours d'une nuit tragique où il se retrouve à nouveau confronté à la guerre pour le saint Graal, Shirô invoque Saber, l'ultime serviteur, et devra affronter les six autres magiciens malgré ses limites.