Hikaru Shindo est un jeune garçon de 11 ans comme les autres. Un jour, alors qu'il fouille le grenier de son grand-père en compagnie de son amie Akari, il tombe sur une table de jeu de Go d'apparence très ancienne. En l'examinant, il y découvre des taches de sang. C'est alors qu'il entend une voix qui l'appelle : il a réveillé le fantôme de Saï Fujiwara, un brillant joueur de go de l'époque Heïan, professeur particulier de l'empereur. Son âme tourmentée n’a pu gagner le ciel et s’est réfugié dans le Goban, en attendant de trouver quelqu'un qui partage sa passion pour le jeu. Malheureusement pour Saï, Hikaru n'a pas grand chose à faire du Go. Mais, sur les prières de Saï, il rejoint un club et fait la connaissance d'Akira, un jeune prodige du go, fils du meilleur joueur du Japon. Guidé par Saï, il va battre Akira, ce qui va être pour lui le début d'une grande aventure dans le monde de ce jeu millénaire...