L’histoire nous entraîne au côté de la lycéenne Shio Ogura, qui, lors d’un voyage scolaire en Taiwan, est attaquée par des monstres géants. Au milieu de ce chaos apparaît les E-Gene Holder, des agents de l’organisation Dogoo, dont leur corps a fusionné avec l’esprit d’un grand personnage historique qui se matérialise sous forme d’arme. Ainsi Gandhi permet de générer une barrière ou encore Newton qui permet de manipuler la gravité. Pour sauver la vie de son amie, Shio fusionne avec Oda Nobunaga qui prend la forme d’une puissante mitraillette. (Seigneur de guerre de l’ère Sengoku)