En février 1999, une série de meurtres met Shiki Ryougi et Mikiya Kokutou à rude épreuve. Ces crimes présentent une ressemblance troublante avec une série d'homicides similaires survenus en 1995, année de leur première rencontre, et réveillent un sombre désir meurtrier qui sommeille en Shiki depuis lors. Suspectée pour son implication dans les meurtres passés et sa ressemblance supposée avec le tueur, Shiki et Mikiya se lancent à la recherche du véritable coupable. Au milieu de leurs enquêtes respectives, Mikiya s'inquiète de plus en plus du bien-être de Shiki et se dépêche de retrouver le responsable afin de la protéger de ses propres pulsions. Grâce à une piste reçue de son cousin, l'inspecteur de police Daisuke Akimi, Mikiya est entraîné dans les bas-fonds de la ville de Mifune, car le salut de l'âme de Shiki réside dans sa détermination à prouver son innocence une fois pour toutes.