Après qu'un mystérieux duo a attaqué Rukia Kuchiki et effacé ses souvenirs alors qu'elle se trouvait au Seireitei, Ichigo Kurosaki, un Shinigami de substitution, oublie brièvement Rukia, jusqu'à ce que Kon, un Mod-Soul Underpod, lui rappelle son souvenir. Déconcerté, il part à la recherche du propriétaire de la confiserie de sa ville, Kisuke Urahara, qui leur ouvre le chemin du Seireitei. Ichigo est alors choqué de constater que ses alliés du Seireitei, les Shinigamis de la Soul Society, l'ont oublié. Plein d'action, Kimi no Na wo Yobu suit Ichigo et Kon dans leur combat contre leurs anciens camarades, à la recherche de Rukia disparue et à la découverte de ses agresseurs avant qu'ils ne frappent à nouveau.