Un véhicule, conduit par Izumi Yasaka, fonce droit sur le bâtiment du Bureau de la sécurité publique et s'y enfonce. Izumi est conseillère et a récemment fugué alors qu'elle travaillait dans un centre de réinsertion pour criminels latents appelé Sanctuary. Avant que les inspectrices Mika Shimotsuki et Akane Tsunemori n'aient pu interroger la suspecte, le centre exige son retour immédiat. Interprétant cela comme un ordre direct du chef et du conseil d'administration de Sanctuary, les inspectrices obéissent, mais insistent pour qu'Izumi soit raccompagnée personnellement. Tsunemori compte poursuivre l'enquête avec le reste de l'équipe du Bureau. L'inspectrice Shimotsuki se voit enfin confier l'enquête qu'elle attendait : une affaire importante. Cette affaire suit Shimotsuki et son équipe d'agents dans leur quête pour percer les secrets de Sanctuary.