L'agent Teppei Sugou, ancien pilote d'élite de la 15e Force opérationnelle intégrée de l'Armée de défense nationale, reçoit la visite d'un éclaireur du ministère des Affaires étrangères qui lui propose de réintégrer l'armée. Alors qu'il réfléchit à cette offre, il se remémore ses derniers mois de service. Sa dernière mission, l'opération Foot Stamp, était une frappe militaire hautement confidentielle contre l'Union de l'Asie du Sud-Est. L'opération a rapidement tourné au désastre pour les forces terrestres, et le drone Premier Gardien de Sugou a reçu l'ordre d'intervenir en appui aérien pour larguer des vivres d'urgence aux unités au sol, puis de regagner sa base. Obéissant aux ordres reçus contre son gré, Sugou a abandonné ses camarades sur le terrain. De nombreuses vies ont été perdues durant l'opération, dont celle d'Itsuki Ootomo, son supérieur. Cependant, trois mois plus tard, suite à un massacre au ministère de la Défense, Ootomo a été aperçu sur les lieux par une caméra de surveillance. Désormais soupçonné d'acte terroriste, Sugou collabore avec l'agent Tomomi Masaoka et la Division 01 du Département des enquêtes criminelles pour retrouver son ancien mentor.