Dans un monde post-apocalyptique, le dernier bastion humain au Japon est la ville fortifiée de Tokyo-3. Shinji Ikari, quatorze ans, est conduit au quartier général de NERV, une organisation clandestine dirigée par son père, Gendou, dont il est séparé. Ce dernier lui demande de devenir pilote d'un « Evangelion », un androïde colossal conçu pour combattre les créatures extraterrestres monstrueuses et destructrices appelées « Anges », qui sèment la terreur sur la planète et menacent la survie de l'humanité. D'abord réticent, Shinji se laisse convaincre par l'espoir de se réconcilier avec son père et accepte de participer à la périlleuse lutte de l'humanité contre cette menace extraterrestre, en tant que pilote de l'Evangelion Unité-01. Plongé au cœur d'un champ de bataille dangereux, Shinji devra trouver le courage et la détermination nécessaires pour repousser les incursions des Anges avant qu'il ne soit trop tard.