Quatorze ans après le troisième impact, Shinji Ikari, qui n’a pas vieilli, se réveille dans un monde dont il n’a aucun souvenir. Une grande partie de la Terre est en ruine, la Nerv a été démantelée, et des personnes qu’il a protégées par le passé se sont maintenant retournées contre lui. Alors qu’il se lie d’amitié avec l’énigmatique Kaworu Nagisa, Shinji continue de se battre contre les anges et découvre que cette lutte est loin d’être terminée. Le monde court à sa perte …