Dans une lutte acharnée, les ninjas de Sunagakure tentent de repousser une invasion imprévue de mystérieux guerriers en armure sur le Pays du Vent. Peu après, ces mêmes troupes, menées par Temujin — un chevalier habile à la puissance impressionnante — tendent une embuscade à Naruto Uzumaki, Sakura Haruno et Shikamaru Nara, alors en mission pour retrouver un furet égaré. Naruto et Temujin s'affrontent violemment, un combat qui s'achève par leur chute commune du haut d'une falaise. Stupéfaits par le sort soudain de leur ami, Sakura et Shikamaru assistent à un nouveau développement inquiétant : une immense structure mobile surgit de nulle part, ravageant tout sur son passage, arbres comme rochers. Tandis que Sakura part à la recherche de Naruto, Shikamaru s'infiltre dans l'imposante forteresse dans l'espoir d'en apprendre davantage sur cette situation critique. Pris dans un conflit incessant, les ninjas de Konohagakure unissent leurs forces à celles de leurs homologues de Sunagakure pour vaincre l'ennemi commun. Cependant, au cœur de ce tumulte, un affrontement entre deux visions divergentes d'un monde idéal fait jour.