Après avoir subi de lourdes pertes lors de la bataille de Marineford, Monkey D. Luffy se retrouve échoué sur Rusukaina, une île dangereuse grouillant de créatures énormes et dangereuses. Là, il s'est engagé à suivre un entraînement de deux ans pour apprendre le « Haki », l'énergie que les combattants peuvent utiliser pour s'octroyer diverses capacités au combat. Luffy est arraché à son entraînement par l'enlèvement de Sandersonia et Marigold, les sœurs de son ami et allié Boa Hancock. Avec l'aide de Boa, Luffy cherche à traquer le célèbre pirate responsable de l'enlèvement, un homme dont la récente évasion de prison est le résultat des propres actions imprudentes de Luffy. Luffy doit utiliser sa maîtrise croissante du Haki pour vaincre ce nouvel ennemi tout en faisant face à son chagrin accablant.