L'équipage du Chapeau de Paille arrive sur l'île déserte d'Alabasta pour aider la princesse Nefertari Vivi à mettre fin aux troubles sociaux auxquels son pays est confronté. Derrière ce conflit houleux se trouve l'organisation pirate Baroque Works, qui conspire contre le royaume dans le but de voler les secrets d'une ancienne arme de destruction massive. Alors que la situation devient incontrôlable, Monkey D. Luffy et Vivi doivent réprimer la révolution avant que la nation ne s'effondre complètement.