L’histoire suit la trame des films récapitulatifs et ignore donc certains aspects de la série qui n’y sont pas retranscrits. L’histoire débute quelques mois après la mort de Lelouch, dans un monde enfin en paix. Du moins en apparence. Alors qu’ils sont en visite diplomatique au Zilkistan, un royaume du désert, Zero et Nunnally sont brusquement attaqués et kidnappés.
