Une série de suicides étrangement similaires fait la une des journaux japonais de la fin des années 90. Parmi toutes ces étranges ressemblances, un détail ressort particulièrement : les victimes se sont toutes suicidées en sautant du haut de l'immeuble Fujou, une structure abandonnée et délabrée qui domine la ville. Shiki Ryougi, une jeune fille impitoyable vivant dans un appartement vide, soupçonne une cause surnaturelle de ces sinistres événements. Possédant elle-même un pouvoir mystique, Shiki enquête sur ces incidents aux côtés de Touko Aozaki, une détective spécialisée dans la fabrication de poupées et la magie, et de son amie Mikiya Kokotou, l'assistante de Touko. Shiki perce le mystère en s'aventurant dans un monde énigmatique pour percer les sombres secrets qui entourent cet étrange phénomène.