Deux ans se sont écoulés depuis la fin de la Quatrième Grande Guerre Ninja. Konoha était en paix et en harmonie, jusqu'à ce que le Sixième Hokage Kakashi Hatake remarque que la Lune se rapproche dangereusement de la Terre, menaçant de détruire la planète. Au cœur de cette terrible épreuve, Konoha est envahie par un nouveau mal, Toneri Oosutuski, qui enlève soudainement Hanabi, la petite sœur d'Hinata Hyuuga. Kakashi envoie une équipe de ninjas chevronnés, composée de Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, Shikamaru Nara, Sai et Hinata, pour sauver Hanabi des griffes diaboliques de Toneri. Cependant, au cours de leur mission, l'équipe se heurte à plusieurs obstacles qui mettent ses efforts à rude épreuve. L'enlèvement de Hanabi met à rude épreuve les liens qui unissent les membres de l'équipe, et alors que le monde est au bord de la destruction, ils doivent se lancer dans une course contre la montre pour assurer la sécurité de leur planète. Pendant ce temps, alors que la bataille fait rage, Naruto est poussé à se battre pour quelque chose de plus grand qu'il n'a jamais imaginé : l'amour.