De retour à Konoha, le jeune ninja célèbre sa victoire sur un groupe de prétendus membres de l'Akatsuki. Naruto Uzumaki et Sakura Haruno, cependant, sont d'un autre avis. Naruto, jaloux des familles de ses camarades, souhaite la présence de ses propres parents. Sakura, quant à elle, est en colère contre ses parents embarrassants et souhaite ne plus avoir de parents du tout. Les deux hommes s'affrontent sur des idéaux opposés, mais sont confrontés à une question plus urgente lorsque Madara Uchiwa, masqué, apparaît soudainement et les transporte dans un monde parallèle. Dans ce monde, les parents de Sakura sont considérés comme des héros, car ils ont donné leur vie pour protéger Konoha de l'attaque du Renard à Neuf Queues dix ans plus tôt. Par conséquent, les parents de Naruto, Minato Namikaze et Kushina Uzumaki, sont en vie et en bonne santé. Incapables de rentrer chez eux ou de retrouver Madara masqué, Naruto et Sakura restent dans ce nouveau monde et profitent des changements qu'ils ont toujours désirés. Tout semble bien pour les deux ninjas, jusqu'à ce qu'une menace inattendue surgisse qui pousse Naruto et Sakura non seulement à se battre pour le Konoha du monde alternatif, mais aussi à trouver un moyen de revenir vers le leur.