Le lycée UA doit regagner la confiance du public après l'attaque surprise de vilains survenue pendant l'entraînement de la classe 1-A. Bien que certains professeurs aient été grièvement blessés, Izuku « Deku » Midoriya et ses camarades doivent poursuivre leur apprentissage et leur entraînement, et maîtriser leurs Alters dans des environnements et des situations variés. Boku no Hero Academia : Sukue! Kyuujo Kunren! suit la classe 1-A dans sa tentative de terminer son entraînement. Cependant, une silhouette masquée rôde dans le centre d'entraînement. Les vilains responsables de l'incident précédent sont-ils revenus pour en finir ? Si oui, les élèves sont-ils prêts à riposter ?