Bien des années avant de devenir le célèbre capitaine du Bataillon d'Exploration, le jeune Levi lutte pour sa survie dans la décharge souterraine de la capitale. À la tête de sa propre organisation criminelle, Levi tente de survivre avec de maigres revenus, aidé par ses camarades criminels, Isabel Magnolia et Farlan Church. Sans grand espoir, Levi accepte un marché avec Nicholas Lobov, chef de la faction anti-expédition, qui promet au trio la citoyenneté à la surface s'ils parviennent à assassiner Erwin Smith, chef d'escouade du Bataillon d'Exploration. Lorsque Levi et Erwin se croisent, Erwin reconnaît l'agilité et les compétences de Levi et lui propose de rejoindre l'équipe d'expédition ou d'être remis à la police militaire pour expier ses crimes. Désormais plus proches de l'homme qu'ils sont chargés d'éliminer, le groupe compte bien mener à bien sa mission et échapper à une fin tragique dans les recoins obscurs de leur ancien foyer. Cependant, ils sont sur le point d'apprendre que le monde de la surface n'est pas aussi libérateur qu'ils le pensaient et que parfois, la liberté peut avoir un prix élevé.